一：2012年初的时候，南老师就请人建造水晶舍利塔200尊！并在不久后建造完成，此事件让一些道友微微感觉有些不妙。
二：2012年5月12日，张公尚德老师达摩书院网站，公布一则消息：「南怀瑾先生学术成就」研讨会，时间正定在南老师逝世的那一天：9月29日。此事件很有些奇特，因为一般情况下，总结一个人的成就，都是在这个人已经......才开始总结的。当时包括我在内的一些道友虽也微微感觉不妙！但也没敢往深处想。
三：2012年5月29日，南老师在一次谈话中，提到自己龙年有劫，但谁也没有料到会这么严重。
四：2012年8月左右！古国治老师告诉一些道友说，今年的亲子教育课和自我认知课将会是最后的课程，明年将不再举办课程，有道友问为什么，古老师答：南老师让他明年住大学堂，现在看来，其实这应该是南老师在作安排太湖大学堂以后的主持者。
五：2012年9月初左右，南老师示疾并住院，约在这个时期，南老师开始要弟子记录自己的生平。这动作是前所未有的，以前有弟子要为南老记录，或写传记，都被拒绝。
六：2012年9月19日早晨，怀师在与儿子南国熙讲完话后，说我累了，要休息了，随后入定坐化，此时怀师气住脉停，体软身热。弟子们心存希冀，只好宣布入定，不触碰怀师，全力护持，为怀师祈福诵经。至9月25日七日内，怀师体温和头部温度都未大变，身体柔软，体出檀香。
七：9月26日发觉怀师体温明显下降，遂宣布成立护持工作小组，并开始准备后事，进行修建荼毗炉等事宜。至29日怀师状况再无逆转。
八：9月29日下午，上海中山医院的医生到太湖大学堂审视并确认怀师已无生命迹象，开具死亡证明书，认定怀师辞世时间为2012年9月29日下午16时26分。之后为怀师换衣时，怀师身体柔软。
九：2012年9月30日晚上七点开始，在太湖大学堂为南老师举行了荼毗仪式！此时湖北准提法会起香正好开始！（首愚师父因在大学堂参加荼毗仪式，第二天才到法会现场）
十：怀师荼毗仪式结束后，弟子们经过讨论商议，在否决了就地不开炉建塔的方案后，于2012年10月5日早晨四点打开荼毗炉，看到经过荼毗后，怀师的头骨完整，上面缀满各色舍利子；头骨一半呈现黄色，一半呈现蓝色；舌头完整，上面布满莲花状舍利子；其余身体化成舍利子无数。
根据安排，怀师的舍利子不日将运往四川成都文殊院，在那里将举行法会以示纪念。
