普陀山自从开山以来，从未闻有人因朝普陀山进香，遭巨浪落海而死，更未有来山进香的香船在海里翻沉，或溺死了多少香客。甚至有存心舍身投海，以报佛恩的人都不得死（相反的不是朝山进香的船，往往在海中遇险，好多的大轮船沉翻）。许多的事迹就像神话一样，一般不信佛者往往说是讹传，但有一件事情却由不得你不信，那就是孙中山先生亲睹灵异。
至今保存在普陀山有孙中山亲笔签名的《游普陀志奇》记载：
余因察看象山，舟山军港，顺道趣游普陀山，同行者为胡君汉民，邓君孟硕，周君佩箴，朱君卓文，及浙江民政厅秘书陈君去病，所乘建康舰舰长则任君光宇也，抵普陀山骄阳已斜，相率登岸已而旋赴慧济寺，才一遥瞩，奇观现矣！则见寺前恍矗立一伟丽之牌楼，仙葩组绵，宝幡舞风，而奇僧数十，窥厥状似乎来迎客者。殊讶其仪观之盛，备举之捷！转行益了然，见其中有一大圆轮，盘旋极速。莫识其成以何质，运以何力！方感想间，忽杳然无迹，则已过去处矣。既入慧济寺，亟询之同游者，均无所睹，遂诧以为奇不已。余脑藏中，素无神异思想，竟不知是何灵境归至普济寺晚餐，了余、道阶，精宣佛理，与之谈，令人悠然意远矣。民国五年八月二十五日孙文志。（孙中山先生亲笔墨宝，现珍藏普济寺客堂）
抗战期间（1944年7月间），有日军七八千人来山，沿海各庵皆驻军官，士兵则在海滨沙滩上露营而宿，于山本无损害，但每天到四周各小岛搜来牛羊鸡鸭等在山上宰杀，血污名山（普陀在日人未至之前，从无荤腥进山）。一天晚上，忽然在善财礁外，发现红灯，日军用探照灯视之，雾露之中，似觉有同盟军舰来攻的样子，遂开炮射击，不料一炮开出去之后，忽然一灯变多灯，在海中往来不息。日军认为真有盟军，一连开了数炮，奇怪的是海中竟现无数红灯，漫向千步沙营地而来，其灯渐明，照见岸上人面了然，但不达岸，这时日人知道是菩萨显化，不喜他们在名山道场随便胡来，因此一齐跪下向著红灯拜祷，三日后即自动撤兵而去。
也在那个时期，上海有一初信佛者，过去无恶不作，平日宰牛为业，虽闻印光大师之名皈依了佛门，仍然恶习难除。有一次到普陀山进香，听人说到梵音洞去可看前世，便随人一道去看，旁人看到的都是各种不同的佛菩萨，唯有他一人看到一只黄牛在洞中现痛苦状，悚然不安，心想，难道我前世是牛？回寺后他把所见告诉印光大师，印老平静说道：这倒不是你前世，而是你的来生，恐怕你死后要做这只牛。你杀过牛没有？
抗日胜利后，1948年农历闰二月十一日，当时的总统府资政、中国佛教会理事长章嘉法师，到普陀山，先往前后寺庙参拜观音菩萨后，再到梵音洞，当时有前后寺的知客均陪同前往，及其同来随员一共十九人，大师向洞礼拜后，洞口忽然放光一道，就在光中现出观音大士金身色相来，同来大众均能看见，另有该山警察所长陈世初先生，随护在侧，也是一同亲见大士现身，莫不欢喜，叹为希有。
